Die Bischöfliche Zentralbibliothek Regensburg wurde am 27. Oktober 1972 gegründet. Nach Eröffnung der 4. Bayerischen Landesuniversität 1967 in Regensburg leistete das Bistum Regensburg mit dem modernen Bibliotheksneubau auch einen Beitrag, um die im kirchlichen Besitz befindlichen Handschriften, Bücher und Musikalien der Forschung zur Verfügung zu stellen.
Wie die Bezeichnung "Bischöfliche Zentralbibliothek" aussagt, vereinte die Bibliothek bis dahin verstreute kirchliche Buchbestände an einem Ort. Zu den Gründungsbeständen gehören die Bibliothek des ehemaligen Schottenklosters St. Jakob, des einzigen Benediktinerklosters in Bayern, das die Säkularisation ohne Aufhebung überstand (ca. 25.000 Bde.), die sog. Alte Ordinariatsbibliothek, die Proskesche Musiksammlung und die Bibliothek des Kollegiatstifts zu den heiligen Johann Baptist und Johann Evangelist in Regensburg.

In den Folgejahren wuchs die Bibliothek rasch durch weitere Bestände, die z.T. als Geschenk, z.T. als Dauerleihgaben (Depositum) überlassen wurden: 1973 die Sammlung des Regensburger Liederkranzes; 1976 die kunsthistorische Sammlung Michael Hartig (Depositum) und Bücher des Katholischen Kirchenbuchamtes in München; 1977 die "Ferdinand-Fromann-Bibliothek" der Genossenschaft der Ritter des Internationalen Konstantinordens e.V. (Depositum); 1979 die Bibliothek des Instituts für ostdeutsche Kirchen- und Kulturgeschichte e.V. (Depositum); 1981 die Bibliothek des Stiftskapitels Unserer Lieben Frau zur Alten Kapelle in Regensburg (Depositum); 1985 die Bibliothek des Musikwissenschaftlers Prof. Dr. Ferdinand Haberl; 1992 die Bibliothek von Bischof Dr. Rudolf Graber; 2000 die Bibliothek des Schlesienforschers Heinrich Grüger. Zahlreiche Bücherabgaben von Geistlichen des Bistums Regensburg kamen hinzu.