An eine Ringkrypta mit dem Grab des Heiligen schloss sich noch im 8. Jahrhundert eine dreischiffige Basilika an, die um 1050 ein mächtiges Westquerhaus mit dem Dionysiuschor erhielt. 1052 erhob Papst Leo IX. in Anwesenheit von Kaiser Heinrich III. und vielen Bischöfen des Reiches die Gebeine des 994 verstorbenen Bischofs Wolfgang zusammen mit denen des Bischofs Erhard. St. Wolfgang wurde damals in die neu errichtete Westkrypta umgebettet. Seit dieser Zeit ist dieser Raum als Wolfgangskrypta bezeichnet und würdiger Grabraum des Hauptpatrons des Bistums.

Die weitläufige Klosterkirche birgt noch weitere Grabstätten von Seligen: es sind dies die selige Königin Hemma, Gemahlin Ludwigs des Deutschen, die selige Klausnerin Aurelia, die seligen Bischöfe Wolflek, Gaubald und Tuto sowie der selige Abt Ramwold, der 1001 in seiner neu erbauten Außenkrypta begraben wurde. 1731-33 erhielt die Klosterkirche durch die Gebrüder Asam ihr festliches Aussehen mit Stukkaturen, Figuren und Malereien.

Das Grab des hl. Wolfgang ist noch heute Ziel der Pilger aus der Diözese und der ganzen Welt. St. Wolfgangs Wirken ist vor allem in St. Emmeram noch lebendig, dessen klösterliche Gemeinschaft er reformierte und 974 von der Personalunion mit dem Bischofsamt befreite. Kirche und Hackl sind die Attribute des Heiligen. St. Emmeram trägt die Leiter, auf der er gefesselt die Märtyrerqualen erdulden musste. Seine Gebeine ruhen im Osten der Basilika unter dem Hochaltar in einem Silberschrein.