Geschichte und Archäologie werden im Niedermünster fassbar.
Beim Einbau einer Fußbodenheizung wurde hier von 1963 bis 1969 eine der größten Kirchengrabungen Deutschlands durchgeführt. Die dabei aufgedeckten Befunde zeigen unter dem Niedermünster ein einzigartiges Geschichtsdokument.
Heute können auf rund 600 von über 800 qm untersuchter Fläche bauliche Reste der Römer- und Völkerwanderungszeit sowie des frühen und hohen Mittelalters erlebt werden. Sie sind konserviert und nach Bauphasen gekennzeichnet.
Die Gräber der bayerischen Herzogsfamilie und das Hochgrab des Heiligen Erhard zeigen, welche Bedeutung dieser Kirche innerhalb der Stadt und des Landes zukam.
Der Besucher bewegt sich überwiegend in den Baugruben des heute erhaltenen romanischen Kirchenbaus, dessen Spannfundamente den unterirdischen Ausstellungsraum begrenzen. Eindrucksvoll vermittelt das Untergeschoss das Anwachsen historischer Schichten und Bauten auf 5 m Mächtigkeit. Es verdeutlicht zugleich die Möglichkeiten und Probleme einer derartigen Ausgrabung.

Soldatenunterkünfte im römischen Legionslager
Das Niedermünster liegt in der Nordostecke des 179 n. Chr. errichteten Militärlagers der 3. Italischen Legion. Dieses nimmt mit 25 ha Grundfläche weite Teile der Altstadt ein. Bei den Grabungen wurden vier Mannschaftsbaracken von etwa 50 m Länge mit einem abschließenden größeren Wohntrakt für den Kommandanten aufgedeckt. Zu den Lagergassen hin lagen überdachte Laubengänge. Aus der Gründungsphase stammen Holzbauten, die nach einer Brandzerstörung in den 240er Jahren planiert wurden. Beim Wiederaufbau behielt man den Grundriß bei, doch bestand das Aufgehende nun aus Fachwerk auf gemauerten Steinsockeln. Diese Bauten waren bis in das späte 4. Jh. n. Chr. in Benutzung, sie mußten aber nach einem zweiten Brand um 275 n. Chr. erneuert werden. Beide Brandzerstörungen stehen im Zusammenhang mit Germaneneinfällen.

Germanen halten Einzug in Regensburg
Um 400 n. Chr. wurden in die Gebäude schmale, lehmgebundene Mäuerchen eingezogen und der Barackengrundriß zugunsten kleiner, heizbarer Raumeinheiten aufgegeben. Die westliche Lagergasse wurde verschmälert und randlich bebaut, die Portiken entlang der Gassen aufgegeben. Vermutlich waren hier nun keine regulären Grenztruppen mehr stationiert. Spätestens um 430/450 n. Chr. sind massive Eingriffe in die römische Bausubstanz durch Germanen festzustellen, Teile lagen auch einfach brach und verfielen.
Die nachfolgenden Gebäude, die von einer germanischen Bevölkerungsgruppe bewohnt und bewirtschaftet wurden, waren überwiegend einfache Holzbauten mit Feuerstellen. Nur wenige trocken gesetzte Steinmauern dieser Phase fanden sich unter dem Fußboden der ersten Kirche und wurden teilweise in deren Fundamente integriert. Die östliche Lagergasse blieb vermutlich bis in das 8. Jh. hinein nord-südlicher Verbindungsweg.

Eine Pfalzkapelle entsteht
Über spätrömischen Mauerresten und einem Sakralbau des 7. Jahrhunderts entstand eine massive Saalkirche mit Rechteckchor im Osten und Vorhalle im Westen, umgeben von einem ausgedehnten Friedhof. Den rund 25 m langen Bau errichtete man auf trocken gesetzten Fundamenten, die römische Baufluchten aufgriffen und dabei teilweise römische Mauern integrierten. Das aufgehende Mauerwerk zeichnet sich durch seine hohe Bauqualität aus.
Im Inneren dieses Kirchenbaus befanden sich mehrere Grablegen. An der Nordwand lag das Grab des Bischofs Erhard. Weitere Gräber befanden sich im Chor. Von diesen ist eines wohl zeitgleich mit dem Erhardgrab angelegt worden. Bei der ebenfalls von Steinplatten eingefassten Bestattung könnte es sich um die Grablege Herzog Theodos (680 bis um 718) handeln.
Diese Gräber stellen einen eindeutigen Bezug zum Herzogshof her, weshalb der Kirchenbau als Pfalzkapelle anzusprechen ist.

Erhebung eines unkanonischen Bischofs
Der heilige Erhard zählt zu den Wanderbischöfen ohne Bistum und Sprengel. Dieser fränkische Missionsbischof wirkte am bajuwarischen Herzogshof in Regensburg und fand im Niedermünster seine letzte Ruhestätte in einem Grab aus wiederverwendeten römischen Tuffplatten und einem Sarkophagdeckel († um 715).
Seine Identität ist aufgrund der ununterbrochenen Verehrung bis in heutige Zeit nicht anzuzweifeln. In einzigartiger Weise wird hier der mittelalterliche Erhebungsvorgang vor Augen geführt. Bei der kanonischen Heiligsprechung Erhards durch Papst Leo IX. im Jahre 1052 öffnete man den Kirchenboden gezielt über dem Grab und hob den Sarkophagdeckel auf das Niveau des Kirchenbodens an, indem man die Grabwände bis zu dieser Höhe aufmauerte. Somit wurde das Erhardgrab in der ottonischen Kirche sichtbar und blieb es durch alle Bauphasen bis heute.
Der direkt daneben in einem römischen Sarkophag bestattete Mann war dagegen bereits in der Karolingerzeit vergessen; seine Identität bleibt spekulativ.

Das monasterium inferioris – die Saalkirche wird in einen Gebäudekomplex eingebunden
Die Pfalzkapelle, ein rund 20 x 10 m großer
Saalbau mit einem Rechteckchor von 5,5 x 8,5 m,
hatte über längere Zeit Bestand. Dies ist den Erneuerungen des massiven Kalkestrichs, Neu-verputzungen sowie Ein- und Anbauten zu entnehmen. Beschädigungen nahe dem Chor deuten auf einen Brand hin. Danach verlegte man den Eingang nach Westen. Später erfolgte der Anbau von Räumen an der Süd-, Ost- und Nordseite, die in den dort befindlichen Friedhof eingriffen. Zudem wurde das Kirchenschiff etwa mittig durch ein Mäuerchen getrennt. Durch die Abtrennung des Laienraums dürfte Letzteres ein Indiz für die Umwandlung der Pfalzkapelle in eine Stiftskirche sein; das 866/889 urkundlich genannte adelige Damenstift „monasterium inferioris“ entstand.

Herzog Heinrich I. und Herzogin Judith gestalten das Niedermünster neu
Auf Veranlassung von Herzog Heinrich I. und seiner Frau Judith wurden Kirche und Stift Niedermünster neu errichtet. Der große, nun dreischiffige Kirchenbau besaß ein östliches Querhaus mit drei Apsiden. Bei Heinrichs Tod 955 war dieser bereits so weit fertiggestellt, dass er vor dem Hauptchor beigesetzt werden konnte. Der Kalksteinsarkophag Heinrichs, ein Bruder Ottos des Großen, liegt in direktem achsialen Bezug zu den älteren Herzogsgräbern an der Südwand des karolingischen Chores. Seine Frau Judith, eine Tochter Herzog Arnulfs, wurde an seiner Seite in einer gemauerten Grabkammer bestattet. Daneben fand ein weiteres Familienmitglied in einem zweitverwendeten römischen Sarkophag seine letzte Ruhe. Ihre Schwiegertochter Gisela wurde vor der südlichen Apsis beigesetzt.
Durch diese herzogliche Familiengrablege war das Niedermünster vor allen anderen Regensburger Kirchen herausgehoben. Judith wird heute noch als Neubegründerin des Niedermünsterstiftes, dem sie zeitweise vorstand, geehrt. Diese Verehrung führte zur Öffnung des Grabes und der Umbettung ihrer Gebeine in die jetzige romanische Kirche.